Университет был основан 25 октября 1925 года как Киргизский институт просвещения. 24 мая 1951 года Совет Министров СССР принял постановление об образовании Киргизского государственного университета (КГУ). С 2002-го вуз носит современное название в честь известного философа средневековья Жусупа Баласагына.
Первым ректором был ученый-историк Бегимаалы Жамгырчинов, а нынешним главой самой известной альма-матер страны является кандидат экономических наук, доцент Чынара Адамкулова, назначенная в 2015 году.
Профиль вуза — обучение естественно-техническим, гуманитарным, экономическим, юридическим специальностям. На данный момент в нем обучается около 30 тысяч студентов.
Многие известные личности суверенного Кыргызстана — государственные руководители, видные общественно-политические деятели, деятели науки и культуры — являются выпускниками главного университета страны. Среди них Турдакун Усубалиев и экс-президент Кыргызстана Роза Отунбаева.
